Der Geheimdienst entsendet MacGyver in den Nahen Osten, wo er eine gefährliche Chemiefabrik erfolgreich deaktiviert, jedoch fälschlicherweise als Saboteur dargestellt wird. Daraufhin wird eine Gruppe von Killern, angeführt vom Kopfgeldjäger Axminster, gegen ihn eingesetzt. Nachdem sein Vorgesetzter ihm einen Unterschlupf angeboten hat, reist MacGyver in die Berge von Colorado, um sich nach 18 Jahren mit seinem Großvater zu versöhnen. Er stellt jedoch fest, dass seine Verfolger ihn bis dorthin aufgespürt haben, woraufhin er und sein Großvater ihre Differenzen beiseitelegen müssen, um sich einer Übermacht zu stellen und feststellen, dass sie mehr gemeinsam haben, als angenommen.