Connor, Amaya und Greg gehen zusammen zur Schule. Tagsüber sind sie normale Teenager, aber nachts mutieren sie zu mit Superkräften ausgestatteten Helden in Pyjamas, die sich mit Schurken anlegen.

Die PJ-Masken setzen den Kampf um Himmel und Weltraum mit Hilfe ihres neuen Freundes, Newton Star, fort. Die PJ-Masken zeigen diesem widerwilligen und einsamen Helden, was Teamwork bedeutet, als Octobella, ein lebhafter und erregbarer neuer Bösewicht, der unter Wasser in den Kanälen der Stadt lebt, der Bande den Kampf ansagt. Aber Octobella weiß nicht, dass ein Held zu sein bedeutet, seinen Freunden zu helfen - und nichts die Freundschaft der PJ-Masken zerstören kann!

Die PJ Masks sind zurück, um weitere Heldentaten zu vollbringen und treffen dabei auf neue Schurken! Orticia, ein seltsames Mädchen, das gruselige Pflanzen wachsen lässt, und Pirate Robot, ein kleiner Roboter, der darauf programmiert ist, Piratenakte auszuführen. Das Team wird auch gegen einige bekannte Feinde kämpfen! Luna, Romeo, Night Ninja, Octobella und Pharao Boy. Sie werden ihre Freundschaft mit Newton im Weltraum und An Yu auf dem Mystery Mountain vertiefen. Aber vor allem werden sie mehr über ihre tierischen Kräfte erfahren!