4. Staffel, Folge 1: Atlantis ist der Vernichtung durch die Replikatoren gerade noch entkommen und treibt führungslos im Raum. Dr. Weir wurde bei dem Angriff schwer verletzt und Colonel Sheppard übernimmt das Kommando. Unterdessen macht Dr. McKay eine beunruhigende Entdeckung: Das ZPM verliert zusehends an Energie. Die automatischen Systeme der Station beginnen deshalb den Schutzschild Stück für Stück abzuschalten.