3. Staffel, Folge 1: Die Allianz mit den Wraith war nicht von langer Dauer: Zwei Wraith-Schiffe befinden sich direkt auf dem Weg zur Erde. Zu allem Übel wurden Dr. McKay und Ronon Dex gekidnappt. Das Atlantis-Team sucht fieberhaft nach einem Weg, die Angreifer aufzuhalten. Colonel Sheppard konnte sich gerade noch mit seiner F-302 unbemerkt an eines der Schiffe heften. Dr. Weir macht sich unterdessen ebenfalls zur Verfolgung auf, obwohl die Daedalus schwer beschädigt wurde.