Die Methoden der Inquisition wurden weiter verschärft. Gleichzeitig dienten die Autodafés, bei denen Dutzende verurteilter Ketzer öffentlich vorgeführt wurden, als wirkungsvolle Inszenierungen der gesellschaftlichen Rolle der Inquisition.

In Spanien, Portugal und Italien entstand ein streng hierarchisches Ermittlungs- und Unterdrückungssystem unter der Kontrolle eines Obersten Rates. Er war Sinnbild der "modernen Inquisition", die unter anderem auch Galileo Galilei verurteilte. Das um 1380 entstandene "Directorium Inquisitorum" wurde überarbeitet und um neue Gruppen von Verdächtigen ergänzt: zum Christentum konvertierte Juden und Muslime, denen die heimliche Rückkehr zu ihrer früheren Religion vorgeworfen wurde, Protestanten, Gelehrte, Philosophen, die indigene Bevölkerung der Neuen Welt, Homosexuelle, Bigamisten und Menschen, die die Bibel in ihrer Landessprache lasen. Die traditionellen Methoden der Inquisition und ihre Arbeit im Geheimen wurden weiter verschärft und sorgten landauf, landab für Angst und Schrecken. Gleichzeitig dienten die großen Autodafés, bei denen Dutzende verurteilter "Ketzer" öffentlich vorgeführt wurden, als wirkungsvolle Inszenierungen der gesellschaftlichen Rolle der Inquisition und ihrer engen Verbindung mit der weltlichen Macht. Der Einfluss der Inquisitoren in Südeuropa schien grenzenlos. Doch im 18. Jahrhundert geriet die sie unter den Druck neuer Ideale von Toleranz und Gewissensfreiheit. Außerdem sah sie sich mit dem zunehmenden Widerstand weltlicher Herrscher konfrontiert, die die Befugnisse von Polizei und Justiz nicht mehr mit der Kirche teilen wollten.