In der zweiten Staffel lüftet "Geheimakte Wildnis" wieder die Mysterien der Natur und untersucht rund um den Globus Aufsehen erregende und absonderliche Begebenheiten aus dem Reich der Tiere. Es geht u. a. um die Frage, warum in einem kalifornischen Hafen plötzlich Millionen Sardinen strandeten. In einem ausgetrockneten See im Death Valley gibt den Forschern dagegen das Phänomen der "wandernden Steine" Rätsel auf, die sich entgegen dem Gefälle über Sand und Geröll bewegen. Und was hat es mit dem "Monster" auf sich, das sich angeblich im Lake Champlain im US-Bundesstaat New York herumtreiben soll?