Eine von Säure zerfressene Leiche wird gefunden. Das NCIS-Team ermittelt, dass es sich bei dem Toten um einen jungen Seemann handelt, der auf einem U-Boot gedient hat. Sein Verschwinden wurde jedoch von seinen Kameraden nicht bemerkt, weil ein Unbekannter seinen Platz eingenommen hat. Tony und McGee finden heraus, dass es sich um einen Öko-Terroristen handelt, der die gesamte Besatzung umbringen will, weil U-Boote mit ihren Sonartests Wale gefährden...