Rob taucht in die medizinischen Geheimnisse ein. Als im persischen Isfahan die Pest ausbricht, helfen die Erkenntnisse allerdings nicht weiter. Rob kommt darauf, dass Rattenflöhe die Pest übertragen.

Der große Gelehrte Ibn Sina (Ben Kingsley) weiht den wissensdurstigen Rob Cole (Tom Payne) in die Geheimnisse der Medizin ein. Doch gegen den Ausbruch der Pest ist die ärztliche Kunst machtlos. In Isfahan rafft der schwarze Tod Tausende dahin, bis der junge Meisterschüler herausfindet, dass Rattenflöhe den Erreger übertragen. Dank seiner Entdeckung wird die Epidemie eingedämmt. Ein phänomenaler Erfolg, doch der gefeierte Mediziner ist nicht zufrieden. Rob will das Geheimnis jener unheilbaren Krankheit lüften, an der auch seine Mutter starb. Trotz ausdrücklichen Verbots seines Lehrmeisters obduziert Rob heimlich eine Leiche und beginnt zu verstehen, dass die berüchtigte "Seitenkrankheit" eine Blinddarmentzündung ist. Mit diesem Wissen rettet er sogar dem Schah (Olivier Martinez) das Leben. Doch er wird an die Mullahs verraten, fanatische Koraneiferer, in deren Augen Ibn Sina und seine Schüler sich gegen Gott versündigen. Mit dem Überfall der kriegerischen Seldschuken, die den Mullahs zur Seite stehen, endet in Isfahan der Epoche der freien Wissenschaft. Ibn Sina verübt Selbstmord. Im letzten Moment rettet Rob seine große Liebe Rebecca (Emma Rigby) aus den Fängen ihres Gatten, der die Ehebrecherin nach alter Tradition steinigen will. In ihrer Begleitung kehrt der Medicus nach England zurück, wo er seine Kenntnisse in den Dienst der freien Forschung stellt.