Parker ist immer noch mit seiner Ex-Frau Vivian auf der Flucht, und so versucht das Team herauszufinden, wer einen Rachefeldzug gegen ihn führen könnte, in der Hoffnung, Parkers Namen reinzuwaschen.

Die Ermittler des Naval Criminal Investigative Service (NCIS) treten immer dann auf die Bühne, wenn Mitglieder der U.S. Navy oder des U.S. Marine Corps in Verbrechen verwickelt sind. Chef des Ermittlungsteams ist Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der zunächst Unterstützung von Tony DiNozzo und Kate Todd. Ebenfalls im Team sind die Forensiker Abby Sciuto und der Gerichtsmediziner Donald "Ducky" Mallard. Gemeinsam mit dem jungen Agenten Timothy McGee, der im Laufe der ersten Staffel zu der Truppe stösst, gilt es, Morde und andere Straftaten aufzuklären.