Kogoro fährt mit Ran und Conan zum Entspannen in ein abgelegenes Hotel. Auch die exzentrische Schauspielerin Chizuru ist Gast in diesem Hotel. Am Abend wird Chizuru erhängt in ihrem Zimmer gefunden.

Detektiv Conan erzählt die Geschichte des jungen Oberschülers und Hobbydetektiven Shinichi Kudo. Dieser bietet dem organisierten Verbrechen mit seiner Spürnase tapfer die Stirn und wird dafür von zwei Gangstern vergiftet. Das Gift tötet ihn zwar nicht, aber es lässt ihn auf die Größe eines Kindes schrumpfen. Shinichi ist nun mehr denn je entschlossen Verbrecher zu jagen und löst deshalb heimlich die Fälle des Privatdetektiven Kogoro.

Durch eine chemische Substanz wird der Hobby-Detektiv Shin'ichi Kudo über Nacht vom Teenager zum Grundschüler. Der eigentlich 17-Jährige muss nun im Körper eines Jungen Fälle lösen, ohne erkannt zu werden. Heimlich löst er die Fälle des Privatdetektivs Kogoro Mori.