Der Naval Criminal Investigation Service verfolgt Verbrechen, die mit der US Navy und dem US Marine Corps zu tun haben. Die Special Agents operieren weltweit und geraten oft in brenzlige Situationen.

Die Ermittler des Naval Criminal Investigative Service (NCIS) treten immer dann auf die Bühne, wenn Mitglieder der U.S. Navy oder des U.S. Marine Corps in Verbrechen verwickelt sind. Chef des Ermittlungsteams ist Special Agent Leroy Jethro Gibbs, der zunächst Unterstützung von Tony DiNozzo und Kate Todd. Ebenfalls im Team sind die Forensiker Abby Sciuto und der Gerichtsmediziner Donald "Ducky" Mallard. Gemeinsam mit dem jungen Agenten Timothy McGee, der im Laufe der ersten Staffel zu der Truppe stösst, gilt es, Morde und andere Straftaten aufzuklären.