Auf Atlantis werden alle elektronischen Systeme plötzlich wie von Geisterhand fremdgesteuert. Auf einem Bildschirm erscheint eine Schrift, die behauptet der Geist von Elizabeth Weir zu sein.

Sheppard (Joe Flanigan) und seine Crew stehen nach einem Erforschungsflug plötzlich vor einem Problem: Irgendetwas hat die Kontrolle über alle elektronischen Systeme übernommen. Über eine plötzlich auf einem Bildschirm auftauchende Schrift beginnt etwas mit der Crew zu kommunizieren, was sich als Elizabeth Weir (Torri Higginson) ausgibt. Nachdem McKay (David Hewlett) diesem Wesen eine Computerstimme verschafft, erzählt es, dass Naniten das Wesen überzeugt hätten, seine Gestalt aufzugeben, um sich technologisch weiterzuentwickeln. Nicht alle glauben "Elizabeth" und so eskaliert die Lage.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.