Für die Erforschung des Hoffaner Proteins reisen Sheppard und Beckett zu einem fremden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben.

Beckett (Paul McGillon) will das Hoffaner Protein erforschen, weil er sich für seine Verbreitung verantwortlich fühlt. Sheppard (Joe Flanigan) hat noch eines von Michaels Laboratorien gefunden. Mit Beckett will er zum betreffenden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben. Ein Einheimischer lässt dennoch eines der Wesen - einer gefährlichen Vorstufe zu einem Mensch-Iratus-Hybrid - frei, da es einst seine Frau war. Und so fordert das Monster einige Opfer.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.