In einem von Michaels Laboren hat die Crew Daten gefunden, die Dr. Keller (Jewel Staite) in die Lage versetzten, eine Gentherapie für die Wraith zu entwickeln, damit sie sich fortan normal ernähren können. Sie trifft sich mit ihrem alten Freund Todd, um ihn für den Vorschlag zu gewinnen, die Therapie an einem Wraith aus seiner Allianz zu testen. Dafür muss allerdings erst die Erlaubnis der Königin der Königinnen, die Urmutter der Wraith, eingeholt werden und das wiederum bedarf einiger List.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.