Die Kriminelle Neeva Casol findet auf einem ihrer Diebeszüge einen Kommunikationsapparat der Antiker. Sie aktiviert das Gerät und transferiert so aus Versehen ihren Geist in den Körper von Dr. Keller (Jewel Staite). Diese wiederum wird, in Neevas Körper gefangen, verhaftet und vor ein Gericht gestellt, welches die Todesstrafe fordert. In Atlantis ist man mittlerweile aufgrund des befremdlichen Verhaltens von Jennifer davon überzeugt, dass ein Körpertausch stattgefunden haben muss. Im Wettlauf gegen die Zeit versuchen Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team den Tod Dr. Kellers zu verhindern.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.