Ein Schiff der Wraith bricht über Atlantis aus dem Hyperraum und sendet einen Hilferuf. Obwohl sie damit rechnen müssen, in eine Falle zu tappen, unternimmt Sheppards Team eine Expedition zum Schiff.

Über Atlantis bricht ein Schiff der Wraith aus dem Hyperraum und sendet eine bruchstückhafte Hilfenachricht. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team unternehmen eine Expedition zum Schiff ihrer Erzfeinde, trotzdem sie damit rechnen müssen, in eine Falle zu tappen. Auf dem Schiff finden sie eine Nachricht ihres Widersachers Todd, in der er von einer Infektion seiner Crew berichtet und um Hilfe bittet. Als der Ernst der Lage erkannt wird, beschließt man, den Wraith zu helfen. Denn nicht nur die Besatzung ist infiziert, sondern auch das Schiff selbst. Auf einmal besteht für alle Gefahr.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.