Kinderpsychologin Mary Portman hat einen schweren Schicksalsschlag zu verkraften. Erst kürzlich ist ihr Mann bei einem Autounfall verstorben. Ihr Stiefsohn Stephen, der auch im Unfallwagen saß, ist seit dem Crash gelähmt und nicht ansprechbar. Als sie den Waisenjungen Tom bei sich aufnimmt, schöpft Mary endlich neue Kraft. Doch die Idylle hält nicht lange an. Tom verschwindet eines Tages spurlos und gleichzeitig geschehen mysteriöse Dinge in Marys Haus.

Shut In erzählt die Geschichte der auf Kinder spezialisierten Psychologin Mary, die ein sehr zurückgezogenes Leben in einem ländlichen Teil von Neuengland führt und nur gelegentlich per Videochat Kontakt zu ihrem Kollegen Dr. Wilson hat. Ihr Ehemann Richard ist vor kurzem bei einem Autounfall gestorben und während sie selbst mit diesem Verlust nur schwer zurechtkommt, hat es ihren jugendlichen Sohn Steven noch schlimmer getroffen: Er ist seit dem Unfall nicht mehr ansprechbar und so verwendet die Mutter viel Zeit damit, ihr katatonisches Kind zu pflegen. Trotz allem nimmt Mary einen neuen jungen Patienten an, der seine Mutter verloren hat: Tom. Sie bietet ihm sogar an, für eine gewisse Zeit in ihrem Haus einzuziehen. Doch dann verschwindet der Junge eines Tages spurlos, Mary leidet zunehmend unter Schlafproblemen und Albträumen und als ein gefährlicher Wintersturm über die Gegend hinwegfegt, muss sie nicht nur ihn vor dem Fortgehen bewahren.