72 Stunden bis zum Großangriff der Maschinen. Dem schönen Hacker Neo und den Rebellen bleibt nicht viel Zeit, sich gegen die Schreckensherrschaft der Maschinen zu wehren. Da hilft nur eines – Neo muss wieder in die Matrix. Auf der Suche nach einem Orakel trifft er dabei auf mächtige Programme, wie den Merowinger und seine sexy Frau Persephone. Und dann taucht auch noch der gefährliche Agent Smith auf, der einen Batch findet und sich ein paar mal kopiert. Findet Neo die richtigen Hacks, um seine Bestimmung in der Matrix zu finden.

Der Hacker Neo hat nur 72 Stunden Zeit, um einen Angriff abzuwehren: Feindliche Maschinen haben es auf die letzte menschliche Siedlung weit unter der Erdoberfläche abgesehen. Mithilfe von Trinity und Morpheus stellt er sich den Gegnern. Doch diese gewinnen durch Klonen und Updates immer mehr an Kraft. Der finale Kampf gegen die feindlichen Maschinen scheint kurz bevor zu stehen.