Auf der Insel sind Anzeichen der Kongo-Bongo-Wrongo-Krankheit aufgetreten, und Diddy ist nicht geimpft. Schon bald ist die Erkrankung fortgeschritten und Diddy kann nicht mehr sprechen.

Donkey Kong, der zukünftige Herrscher von Kongo Bongo, muss die wertvolle Kristallkokosnuss beschützen. Doch King Kroko und seine Anhänger versuchen in ihren Besitz zu kommen um somit auch Kongo Bongo an sich zu reißen.