2. Staffel, Folge 1: Die Zerstörung der Erde durch die Goa'Uld scheint unabwendbar. Einige der führenden Köpfe Amerikas werden deshalb durch das Stargate auf die Alphaseite gebracht, um dort eine neue Welt zu kolonialisieren und den Fortbestand der menschlichen Rasse zu sichern. Unterdessen schmuggeln sich O'Neill und sein Team an Bord eines Raumschiffs unter dem Kommando von Apophis' Sohn Klorel. Im Kampf gegen die Goa'Uld erhalten sie überraschend Unterstützung von Bra'Tac, der die Jaffa von der Herrschaft der Goa'Uld befreien will.