Bei den Pfefferkörnern geht es spannend zu: Drei Mädchen und zwei Jungen kämpfen gegen Gangster und Ganoven in der Hamburger Speicherstadt und lösen so manchen Kriminalfall.

Mia freundet sich mit der schüchternen, neuen Mitschülerin Nicki an, die an ihrer alten Schule offensichtlich fies gemobbt wurde. Mit viel Geduld und Einfühlungsvermögen erfährt Mia, dass Nicki eigentlich als Junge geboren wurde, sich aber schon immer als Mädchen gefühlt hat und deshalb auch offen als Mädchen leben möchte. Ihre Eltern unterstützen diesen Wunsch, doch auch sie konnten gegen Ausgrenzungen und Beleidigungen an der alten Schule nichts ausrichten. Jetzt aber ist auch am Astrid-Lindgren-Gymnasium ein Erpresserbrief aufgetaucht, in dem jemand Nicki droht, ihr Geheimnis zu verraten, wenn sie nicht in kürzester Zeit viel Geld zahlt. Nicki ist verzweifelt, vertraut sich Mia, Alice und Lisha aber schließlich an. Gemeinsam ermitteln die Mädchen und entdecken dabei ungeahnte Seiten an ihren Mitschülern.

In der 13. Staffel der Pfefferkörner werden Ramin, Till, Stella, Pinja und Jale mit großen Veränderungen konfrontiert: die Bootslagerei steht plötzlich zum Verkauf, Tills Vater, der als Kapitän eigentlich auf hoher See weilt, steht eines Tages vor der Tür, Luke bekommt ein Jobangebot aus Amerika - und das Gesundheitsamt schließt kurzfristig das renommierte Teppichkontor Dschami. Als wäre das alles nicht schon aufregend genug, sind die Pfefferkörner natürlich wieder mit der Aufklärung von Verbrechen aller Art beschäftigt: unter anderem klären sie einen Einbruch in einer Spendensammelstelle auf, retten eine Schauspielerin vor einem unheimlichen Stalker, entlarven eine echte Spionin, bringen Wilderer zur Strecke und recherchieren im Umfeld einer Flash-Rob-Gang.