Durch ein Gen-Experiment will Dr. McKay den genetischen Code der Antiker auch in seine DNA aufnehmen. Damit wäre er in der Lage, die Technik von Atlantis zu verstehen und könnte sie benutzen.

Als das Atlantis Team sich langsam an die neue Umgebung zu gewöhnen beginnt, will Dr. Carson Beckett (Paul McGillion) mit Experimenten an McKays (David Hewlett) DNA diesem ein Gen der Antiker einpflanzen. Nur so ist es möglich, die Technologie von Atlantis für sich einzusetzen. Tatsächlich wird McKay plötzlich von einem Schutzschild umgeben, das ihn unverwundbar macht. Doch dafür muss er einen hohen Preis bezahlen: Er kann weder essen noch trinken. Unterdessen wird ein geheimnisvoller Schatten gesichtet. Gleichzeitig häufen sich die technischen Probleme in Atlantis…

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.