Sheppard und das Team treffen auf dem Planeten Hoff ein, der von den Wraith verwüstet wurde. Dr. Beckett unterstützt eine Wissenschaftlerin bei der Entwicklung eines Medikaments gegen die Wraith.

Das Stargate-Team gelangt auf einen Planeten, der von den Hoffanern bewohnt wird. Diese wurden von den Wraith überfallen und wollen sich nun vor einem neuen Angriff rüsten. Die Forscherin Dr. Perna (Allison Hossack) ist dabei, ein vorbeugendes Medikament zu entwickeln, das den Hunger der Wraiths nach der menschlichen Lebensenergie abwehren kann. Dr. Beckett (Paul McGillion) hilft der Wissenschaftlerin. Als ein Serum gefunden ist, will der Kanzler der Hoffaner keine Zeit verlieren und alle Bewohner impfen. Doch das Präparat wurde zuvor nicht getestet…

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.