Auf Atlantis wird die Nahrung knapp. Daher macht sich das Stargate-Team auf den Weg, um neue Handelspartner zu finden. Bei den Genii, die auf den ersten Blick wie ein Volk einfacher Bauern erscheinen, werden Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) und ihre Kollegen fündig. Auch die Genii stecken mitten im Kampf gegen die Wraith. Damit ist die Gemeinschaft eigentlich ein guter Bündnispartner. Doch dann stellt Dr. Weir fest, dass sich die Schicksalsgenossen im Untergrund ihres Planeten mit Atomwaffen gegen neue Angriffe wappnen…

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.