Mit Hilfe der Energie des Stargates des Planeten M5S-224 gelangt das Atlantis-Team zurück auf die Erde. Dort sieht es sich mit einigen Veränderungen konfrontiert, die misstrauisch machen.

Der Planet M5S-224 birgt für das Team um Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) unerwartete Möglichkeiten. Das Stargate des Himmelskörpers scheint besonders viel Energie zu besitzen. So ist auch eine Reise zurück auf die Erde wahrscheinlich. Tatsächlich kann die Crew mit dem Stargate nach Hause gelangen. Doch dort hat sich offenbar einiges geändert. General George Hammond (Don S. Davis) empfängt die Mannschaft mit unglaublichen Neuigkeiten, die Dr. Weir misstrauisch machen.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.