Nach der Erkundung von Sturmschäden außerhalb vonAtlantis sterben zwei Expeditionsteilnehmer. Sie hatten sich mit einem tödlichen Virus infiziert, das jetzt alle Bewohner von Atlantis bedroht.

Bisher konnten die Bewohner von Atlantis die Umgebung der Stadt noch nicht nach Sturmschäden überprüfen. Nun macht sich Dr. McKay (David Hewlett) mit einigen Kollegen auf den Weg. Doch plötzlich sterben zwei seiner Männer. Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) vermutet sofort einen Zusammenhang mit dem von McKay entdeckten, mysteriösen Labor der Antiker außerhalb von Atlantis. Offenbar sind die Toten dort mit einem rätselhaften Virus infiziert worden…

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.