Die computeranimierte Neuauflage des Zeichentrick-Klassikers aus den 70er-Jahren zeigt die Abenteuer von Waisenkind Heidi, ihrem Großvater, Geißen-Peter, Clara und Fräulein Rottenmeier.

Im Dörfli treibt sich nachts ein Wolf herum und es gilt zu handeln. Ein Teil der Bewohner will den Wolf gleich erlegen. Die anderen mahnen zur Vorsicht, da es kaum noch Wölfe in der Gegend gibt. Während Herr Keller, Hans und der Lehrer die Verfolgung aufnehmen, macht sich Großvater auf die Suche nach Heidi. Sie hat gegen Großvaters Anweisung die Almhütte verlassen und streift im Wald umher. Dort findet sie ein Wolfsjunges, das in einer Falle feststeckt. Heidi kann ihm helfen, doch als plötzlich das Muttertier auftaucht, wird es brenzlig für Heidi. Rechtzeitig kommt Großvater und kann sie aus der gefährlichen Situation retten. Es stellt sich heraus, dass Herr Keller die Falle im Wald ausgelegt hat, um an die wertvollen Felle der Tiere zu kommen. Während er den großen Beschützer im Dörfli spielte, war er es, der die Gefahr verursacht hat. Getrieben von seiner Gier - ein Wolf im Schafspelz, sozusagen.

Heidi ist ein Waisenkind, das bei seiner Tante in der Schweiz lebt. Als diese eine lukrative Stelle in Frankfurt angeboten bekommt, bringt sie Heidi auf den Berg zum eigenbrötlerischen Großvater, wo sie fortan leben soll. Seit dem Tod von Heidis Eltern lebt er zurückgezogen in den Bergen auf einer Alm. Von den Dorfbewohnern wird er deshalb nur der Alm-Öhi genannt. Zunächst ist der Großvater abweisend Heidi gegenüber, doch schnell schließt der Griesgram seine Enkelin in sein Herz. Heidi schließt schnell mit dem Geißen-Peter Freundschaft und steht ihm bei - denn Karl, Wilhelm und Theresa aus dem Dörfli haben meist nichts anderes im Sinn, als Peter zu ärgern. Daneben erlebt Heidi die Alpen mit ihrer einzigartigen Tier- und Pflanzenwelt. Hingebungsvoll kümmert sie sich um die Ziegen, um Murmeltiere, um Pieple, das Braunkehlchen, oder Joseph, den Bernhardiner. Als eines Tages ihre Tante Dete vor der Almhütte steht, um Heidi gegen Großvaters Willen mit nach Frankfurt zu nehmen, geht Heidi nur widerstrebend mit. Im Hause Sesemann, in dem ihre Tante angestellt ist, wird sie mit den Zwängen des bürgerlichen Erziehungssystems und der strengen Gouvernante Fräulein Rottenmeier konfrontiert. In Clara, der gehbehinderten Tochter des Hauses, findet sie zwar eine Freundin, doch am Ende wird Heidi krank vor Heimweh und Herr Sesemann schickt sie zum Leidwesen seiner Tochter zurück in die Schweizer Alpen. Doch dort hat sich vieles verändert: die Alm ist verwaist. Der Alm-Öhi hat das Dörfli aus Kummer über Heidis Weggang verlassen. So vergehen dramatische Stunden, bis sich Großvater und Enkelin überglücklich in die Arme schließen können. Als Clara Heidi nach einem Jahr in den Bergen besucht, ist die Freude darüber nicht ungetrübt, denn Clara kommt in Begleitung von Fräulein Rottenmeier. Heidi, Clara und Großvater müssen sich einiges einfallen lassen, um Fräulein Rottenmeier bei Laune zu halten. Nur einer ist wenig erfreut über Claras Aufenthalt: Peter. Aus Eifersucht zerstört er ihren Rollstuhl, was das Mädchen schließlich dazu bewegt wieder laufen zu lernen.