Der Naval Criminal Investigation Service verfolgt Verbrechen, die mit der US Navy und dem US Marine Corps zu tun haben. Die Special Agents operieren weltweit und geraten oft in brenzlige Situationen.

Ein Navy Lieutenant, der offen mit seiner Homosexualität umging, und dem für seinen mutigen Einsatz im Afghanistan-Krieg die "Medal of Honor" verliehen werden sollte, wird umgebracht. Gibbs (Mark Harmon) und sein Team übernehmen die Ermittlungen und merken schnell, wie groß die Ressentiments gegen Homosexuelle in der Navy sind. Derweil setzen bei Breena (Michelle Pierce) die Wehen ein und sie bringt eine gesunde Tochter namens Victoria Elizabeth Palmer zur Welt.