Teyla (Rachel Luttrell) hat immer wieder schreckliche Alpträume von den Wraith. In ihrer Verzweiflung sucht sie die Psychologin Dr. Kate Heightmeyer (Claire Rankin) auf. Diese rät ihr, sich auf den Weg nach Athos zu machen und des Rätsels Lösung dort zu suchen. In ihrer Heimat wendet sich Teyla an die weise Charin (Brenda McDonald), die ihr von seltsamen Vorgängen in der Vergangenheit berichtet. Offenbar wurden zahlreiche Athosianer einst von den Wraith entführt und für Experimente missbraucht…

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.