Endlich findet man den verschollen geglaubten Aiden Ford (Rainbow Sun Francks) auf einem Planeten. Seitdem er Atlantis verließ, war er Anführer einer Gruppe, deren Mitglieder ebenfalls dem Enzym der Wraith ausgesetzt sind. Ford (Francks Rainboe) und sein Team war bereits sehr erfolgreich bei ein paar Angriffe auf die Wraith. Als sie Ford finden, nehmen sie das SG-Team gefangen. Ein weiterer Angriff gegen Wraith ist geplant: Diesmal ist das Ziel ein Basisschiff.

Major John Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erkunden gemeinsam mit anderen Teams aus Soldaten und Wissenschaftlern entfernte Planeten der Pegasus-Galaxie. Sie nutzen dafür ein außerirdisches Gerät namens Stargate, das eine Verbindung zu anderen Stargates herstellen kann. In der verlorenen Antiker-Stadt Atlantis errichten sie einen neuen Stützpunkt. Sie begegnen vielen friedlich gesinnten Völkern und treffen dabei auch auf die Wraith, die einst bereits die Antiker bezwungen haben. Darüber hinaus sucht das Expeditionsteam nach dem Zero Point Module (ZPM), einer Energiequelle der Antiker.