Ein Außerirdischer ist aus einem Hochsicherheitsgefängnis ausgebrochen und möchte in der Vergangenheit Agent K ermorden. Um das zu verhindern, macht sich Agent J ebenfalls auf den Weg ins Jahr 1969.

Der Erde droht die Zerstörung durch einen Alien-Angriff. Drahtzieher ist Boris, die Bestie. Um seine Pläne zu verwirklichen, muss Boris Agent K in der Vergangenheit töten. Agent J reist ins Jahr 1969, um seinen künftigen Partner zu retten. Ihre gemeinsame Bewährungsprobe endet an dem Tag, an dem Apollo 11 zum Mond startet. - Actionreiche und witzige Fortsetzung der "Men in Black"-Reihe mit Will Smith, Tommy Lee Jones und Josh Brolin. Gegenwart. In New York wird ein abgestürztes Raumschiff gefunden, doch der Pilot ist unauffindbar. Agent K (Tommy Lee Jones) wird klar, dass sein Lebenswerk in Gefahr ist. Denn Boris, die Bestie (Jemaine Clement), ist nach 40 Jahren Gefangenschaft aus seinem Hochsicherheitsgefängnis auf dem Mond mit Hilfe seiner Freundin (Nicole Scherzinger) und einer bunten Torte mit gefährlichem Innenleben geflohen. 40 Jahre zuvor, am 16. Juli 1969, hatte der junge Agent K (Josh Brolin) Boris von Coney Island bis nach Cape Canaveral verfolgt, ihm einen Arm weggeschossen, den Außerirdischen, einen Bogloditen, aber nicht getötet. Ein Fehler, denn nach seiner Befreiung sinnt Boris auf Rache und eine Wendung der Ereignisse zu seinen Gunsten. Er reist in die Vergangenheit, zurück zu dem Tag der schicksalhaften Begegnung mit Agent K. Er will K in der Vergangenheit töten, dann nähme die Zukunft den von Boris gewünschten Verlauf. J erkennt, dass er seinen wortkargen Partner retten muss. Und zwar in der Vergangenheit. J wagt einen Zeitsprung auf eigene Faust und landet mithilfe von Jeffrey Price (Michael Chernus) am 16. Juli 1969 in New York. Die erste Begegnung mit dem jungen K (Josh Brolin) ist sehr unerfreulich, da dieser J nicht traut. K steckt den zukünftigen Partner in einen Riesen-Neutralisier, dessen Countdown K erst im letzten Moment anhält. Von da an arbeiten die beiden Männer auch in der Vergangenheit zusammen. Die Suche nach Boris führt sie in Andy Warhols (Bill Hader) Factory, wohin sich Griffin (Michael Stuhlbarg) geflüchtet hat. Griffin hat als einziger die Zerstörung seines Planeten durch Boris' Aliens, die Bogloditen, überlebt. Er besitzt einen Apparat, der mithilfe eines Schutzschirms Angriffe der Erde aus dem All abwehren kann. Dieser Schutzschirm muss jedoch in den Weltraum getragen werden, um dort seine Flügel über der Erde auszubreiten. Eine schier unmögliche Mission für K und J, die sie am 16. Juli 1969 von New York nach Florida, nach Cape Canaveral, führt. Dort steht die "Apollo"-Rakete startbereit, um die ersten Menschen zum Mond zu fliegen, mit der Absicht, den Erdtrabanten zu betreten. Boris ist auch schon in Florida! Die Rolle von Agent K wird hier von Tommy Lee Jones und Josh Brolin gemeinsam verkörpert. Im Mittelpunkt steht diesmal jedoch eindeutig Oscar-Preisträger Will Smith als Agent J. "Eine ausgesprochen originelle Weiterführung des Franchise, die nicht nur mit dem charismatischen Buddy-Duo, sondern auch mit liebevoll gestalteten Nebenfiguren, einer witzigen Hommage an die "Sixties" und atemberaubenden 3D-Effekten perfekt unterhält." (Lexikon des Internationalen Films) Das New Yorker Chrysler Building mit seinen ikonischen Wasserspeiern bietet den Hintergrund für den Zeitsprung von Agent J. Sängerin Nicole Scherzinger hat einen Kurzauftritt als Boris' Freundin mit pinker Torte. Der neuseeländische Schauspieler und Comedian Jemaine Clement ist Boris, die Bestie. Special Make-up-Spezialist Rick Baker - mit Cameo im Film - fragte Clement zu Beginn der Dreharbeiten: "Leidest Du unter Platzangst? Er stellte mir viele Fragen - ich weiß nicht, ob sie mich ängstigen sollten, ein bisschen taten sie das. Er erwähnte außerdem, dass viele Leute nur einmal im Leben eine Rolle spielen, die mit Special Make-up erschaffen wird." Aus gutem Grund: Clement musste zu Beginn der Dreharbeiten acht Stunden beim Make-up verbringen, durch Routine konnte die Zeit im Laufe der Dreharbeiten auf drei bis vier Stunden reduziert werden. (Übersetzt und zitiert nach dem englischen Presseheft zum Film)