Cesare führt nach Juans Ermordung die Untersuchungskommission, kann aber keine Schuldigen finden.

Juans Erzfeind Virginio Orsini wird gefasst und sein Häscher, General Cordova, ausgezeichnet. Juan bittet seinen Vater, ihm die Bestrafung des Gefangenen zu überlassen. Rodrigo willigt ein, doch Juan plant, Kardinal Orsini zu erpressen. Cesare hat genug von den Machenschaften seines Bruders. Betrunken lauert er Juan auf. Es kommt zum Streit. Am nächsten Morgen wird Juans Körper gefesselt, geknebelt und erstochen aus dem Tiber gezogen. Um Gewissheit zu erlangen, nicht den eigenen Bruder ermordet zu haben, sucht Cesare verzweifelt nach dem Mörder. Unterdessen versinkt Rodrigo in seinem Schmerz. Nach drei Tagen der Kasteiung will er allem Weltlichen entsagen, Giulia muss den Palast verlassen. Rodrigo stößt auch Cesare von sich, als dieser ihm von Juans Mord an Pedro Luis berichtet. Lucrezia gesteht Cesare schließlich, gemeinsam mit Pedro den Bruder ermordet zu haben. Rasend vor Zorn tötet Cesare Pedro vor den Augen des Papstes und der Kardinäle. Rodrigos Kräfte schwinden angesichts der neuen, entfesselten Gewalt, die seinen Namen trägt: Borgia. Historischer Mehrteiler von Tom Fontana

Die Epoche wurde von intellektuellem Fortschritt geprägt, aber auch von Krieg und Zerstörung. In ihrem Zentrum stand der Vatikan. Und in dessen Zentrum stand ein Mann, dessen Papsttum zum finstersten Kapitel in der Geschichte der Kirche wurde: Rodrigo Borgia. Seine vier Kinder stellten Rodrigo vor Herausforderungen, die jedoch seine Kämpfe gegen die politischen Rivalen in den Schatten stellten.