Das Team untersucht den Mord an einem Seemann und stellt fest, dass der Mord eventuell mit anderen Morden an Häfen zusammenhängt, die derzeit von der Spezialagentin E.J. Barrett untersucht werden.

Gibbs, sein Team und EJ Barrett erhalten von Vance den Auftrag, gemeinsam den sogenannten Hafenmörder zu überführen, der schon in Spanien anfing, Navy-Angehörige umzubringen und sie dann mit Uniformen ranghoher Navy-Offiziere zu verkleiden. Zudem hinterlässt er gern kleine Botschaften in Form von Blüten in Eiswürfeln oder ähnlichem. Barrett, die in Spanien für den NCIS gearbeitet hat, ist seitdem hinter dem Täter her. Gibbs empfindet ihre Einmischung als Affront, kann sie aber nicht abschütteln, weil ja Vance eine Zusammenarbeit erwartet. Auch die Tatsache, dass Tony mit der Neuen schläft, ist ihm ein Dorn im Auge. Zeitgleich taucht endlich der rätselhafte Ray Cruz auf, Zivas Freund aus Florida …