3. Staffel, Folge 2: Colonel Sheppard und das Stargate-Team sind nach Atlantis zurückgekehrt. Aber dort erwartet sie bereits das nächste Problem: Die Besatzung des gekaperten Wraith-Schiffes wurde durch das Retrovirus in Menschen verwandelt. Nun muss die Atlantis-Crew entscheiden, was mit den menschlichen Wraith geschehen soll. Unterdessen kündigt sich neuer Ärger ein: Richard Woolsey von der IOA ist eingetroffen, um die Situation in Atlantis genauer unter die Lupe nehmen.