Callen ist beunruhigt, weil seine Freundin Anna verschwunden ist, als er zum Counterterrorism Center bestellt wird, um einen Zeugen zu befragen. Plötzlich wird Callen selbst verdächtigt, ein Spion zu sein.

G. Callen kennt nur den ersten Buchstaben seines Vornamens, als Soldat in einer Undercover-Einheit der "Navy CIS" aber ist er hervorragend ausgebildet. Gemeinsam mit dem ehemaligen Navy Seal Sam Hanna, der fliessend arabisch spricht, geht Callen auf geheime Einsätze. Immer wenn es um die nationale Sicherheit der Vereinigten Staaten geht, sind die beiden Profis zur Stelle. Unter der Leitung der resoluten Henrietta "Hetty" Lange gibt Callen in jedem Undercover-Einsatz sein Bestes. Überzeugend ist er, da er sich hervorragend in die unterschiedlichsten Charaktere hineinversetzen kann. Nebenbei versucht Callen auch, mehr über seine Vergangenheit, von der er so gut wie nichts weiss, herauszufinden.