Ray Levoi, FBI-Agent indianischer Abstammung soll mit einem Kollegen einen Mord im Reservat aufklären. Bei der Suche nach dem Täter stößt er auf eine großangelegte Verschwörung hoher Staatsbeamter.

FBI-Agent Ray Levoi wird zusammen mit seinem Kollegen Frank Coutelle von Washington nach South Dakota geschickt, wo im Reservat von Pine Ridge ein Mord geschehen ist. Ray scheint für diesen Fall geradezu prädestiniert, denn in seinen Adern fließt indigenes Blut. Als Ratgeber und Ansprechpartner steht ihm vor Ort der indigene Polizist Walter Krähen-Hengst zur Seite. Ray, der sich bisher mit seinem indigenen Erbe nicht näher auseinandergesetzt hat, kann mit den Stammesstreitigkeiten zunächst wenig anfangen. Doch allmählich beginnt er zu begreifen, was das Leben im Reservat für die amerikanischen Ureinwohner bedeutet. Er versucht, ihr Verhalten, ihre Traditionen und ihre Sicht der Welt zu verstehen. Nach und nach entwickelt Ray Sympathie und Faszination für dieses ihm so fremde wie eigenartig vertraute Volk und kann sich schließlich der Auseinandersetzung mit seiner Vergangenheit nicht länger entziehen. In fantastischen Visionen holen ihn Kindheitserinnerungen ein. Bei der Aufklärung des rätselhaften Mordfalls entdeckt Ray nicht nur seine indigene Identität wieder, sondern stößt auch auf ein dichtes Geflecht aus Korruption und Kriminalität sowie auf eine Verschwörung, in die auch hochrangige Staatsbeamte verstrickt sind.

"Halbblut" beruft sich auf tatsächliche Ereignisse, die in Indianerreservaten während der 1970er Jahre geschahen. Unausgesprochen wird auf den Fall von Leonard Peltier angespielt, der nach wie vor in der amerikanischen Öffentlichkeit unvergessen ist. Peltier, seinerzeit Aktivist des "American Indian Movement" (AIM), einer Bewegung, die für die Rechte der Indianer kämpft, wurde als vermeintlich Schuldiger in einem politisch motivierten Mordfall verhaftet, verurteilt und inhaftiert. Der Schuldspruch wurde nachfolgend mehrfach bestätigt, obwohl Gründe dafür sprechen, dass sich die amerikanische Justiz auf unkomplizierte Weise eines Widersachers des Systems entledigt hat. Eine Theorie, die auch in Michael Apteds unmittelbar vor "Halbblut" entstandenem Dokumentarfilm "Zwischenfall in Oglala"" unterstützt wird, der von Robert Redford koproduziert wurde. Neben diesem prominenten Fall gibt es in "Halbblut" weitere klare Bezüge zur damaligen Lebensrealität der amerikanischen Ureinwohner: Uranabbau auf Stammesgebiet, damit verbundene Krankheiten wegen Trinkwasserverstrahlung; interne Kämpfe zwischen unterschiedlichen Interessengruppen innerhalb der Reservate und nicht zuletzt der Beteiligung des FBI an der Militarisierung dieser Konflikte. Das AIM findet im Film seine fiktionalisierte Entsprechung im ARM, im "Aboriginal Rights Movement".Die genreübliche Actionhandlung verbindet sich mit einem Bild der sozialen und politischen Probleme in den Reservaten.Der Film verknüpft auf bemerkenswerte Weise eine Kriminalgeschichte mit individuellen und gesellschaftlichen Konflikten und verhandelt die Indianerproblematik gleichzeitig realistisch und breitenwirksam. Die Hauptrollen sind mit Val Kilmer und Sam Shepard prominent besetzt. In der Rolle des Indianer-Polizisten Walter Krähen-Hengst überzeugt Graham Greene, eine bekannte Größe unter den Indianerdarstellern.