Die große Stadt: Der Teenagerhase Yuichi Usagi, der wie sein berühmter Vorfahre Miyamoto Usagi, ein Samurai werden will, begibt sich zusammen mit der treuen Echse Spot weg vom Land in die Stadt Neo Edo. Dort befreit er versehentlich den Schurken Kagehito und andere Yokai aus einem energiegeladenen Ki-Quarzstein. Diesen gefährlichen Schurken hatte sein Vorfahre Miyamoto vor über tausend Jahren darin eingesperrt. Zum Glück findet Usagi ein Team, das ihn unterstützt. Denn Usagi trifft in der Stadt auf einen anderen schlagfertigen Krieger und zwei Kriegerinnen - den durchtriebenen Kopfgeldjäger Gen, die hinterlistige Ninja Chizu, die dreiste Taschendiebin Kitsune - mit denen er die Stadt vor den Yokai-Monstern und auch vor Ninjas sowie bösen Aliens beschützt. Yokai: Usagi hat Kagehito, einen spinnenartigen Yokai, aus Versehen aus dem Ki-Quarzstein befreit und ihn auch noch flüchten lassen. Tetsujin, der Wächter des Quarzsteins, bittet Usagi um Hilfe. Usagi darf sich eine Waffe aussuchen und wählt unbeabsichtigt ein Jo-Jo. Als er zusammen mit Gen, Chizu und Kitzune in der Stadt ist, treffen sie auf Lord Kogane, der behauptet Usagis Vorfahre Miyamoto wäre ein Verräter gewesen, und Usagi ins Gefängnis wirft.

Samurai Rabbit: The Usagi Chronicles spielt in einer weit entfernten Zukunft, in der High-Tech mit klassischen japanischen Referenzen vermischt wird. Im Zentrum steht der Hase Yuichi, der ein Teenager und ein Nachkomme des berühmten Kriegers Miyamoto Usagi ist und sich auf seine Reise macht, um ein echter Samurai zu werden. Dabei ist er nicht allein, denn er führt eine Bande von zusammengewürfelten Helden an, daruner einen schurkischen Kopfgeldjäger, einen bedrohlichen Ninja, einen akrobatischen Taschendieb und eine treue Echse. Auf ihrem Weg treffen sie auf Maulwürfe, Fledermäuse mit metallischen Flügen und Monster aus anderen Dimension und träumen davon der beste Samurai zu werden.