Im ausgehenden Mittelalter reist der Franziskanermönch William von Baskerville in ein abgelegenes italienisches Kloster, um in einem Glaubensstreit zwischen zwei gegnerischen Fraktionen zu vermitteln. Kaum angekommen, werden er und sein junger Novize Adson mit einer Serie unheimlicher Todesfälle konfrontiert. Während die Mönche des Klosters darin Zeichen der drohenden Apokalypse sehen, glaubt der scharfsinnige William an eine sehr viel weltlichere Ursache für die grausamen Todesfälle. Er beginnt zu recherchieren und kommt bald einem diabolischen Komplott auf die Spur.

Man schreibt das Jahr 1327, die finstere Epoche des Mittelalters neigt sich allmählich dem Ende zu. Das sich verändernde Welt- und Menschenbild macht auch vor den Religionen nicht halt. Glaubensdispute und Machtkämpfe sind die Folge. Nachdem es zwischen dem Franziskanerorden und dem Vatikan zu einem erbitterten Streit gekommen ist, reist der englische Franziskanerpater William von Baskerville (Sean Connery) mit seinem Adlatus, dem blutjungen Novizen Adson (Christian Slater), in die Ligurischen Alpen. Dort soll er bei einem Treffen der gegnerischen Fraktionen in einer abgelegenen Benediktinerabtei den Vermittler spielen. Allerdings wird die bevorstehende Konferenz vom mysteriösen Todesfall eines Benediktinerbruders überschattet. Während der für seinen Scharfsinn berühmte William den Verlauf des Falls gedanklich nachvollzieht, kommt es im Kloster zu einer ganzen Serie von unheimlichen Mordfällen. Ein Übersetzer (Urs Althaus) wird in einem Kessel voller Schweineblut aufgefunden, die Leiche eines Bibliotheksgehilfen (Michael Habeck) findet man in einer gefüllten Badewanne. Für die verängstigten Mönche besteht kaum ein Zweifel, dass es sich bei den Ereignissen um die ersten Zeichen der Apokalypse handelt. William hingegen ahnt, dass nicht Gottes Zorn hinter den bizarren Morden steckt, sondern ein diabolischer Täter aus Fleisch und Blut. Dennoch rufen die Ereignisse die päpstliche Inquisition auf den Plan. Der grausame Großinquisitor Bernardo Gui (F. Murray Abraham), ein Erzfeind des fortschrittlichen Querdenkers William, sieht in der Abtei den Teufel am Werk. Schnell macht er mehrere Schuldige aus, darunter ein schönes, wildes Mädchen (Valentina Vargas), in das der junge Adson sich verliebt hat. Während Gui durch Folter und Hexenverbrennungen das Böse bannen will, forschen William und Adson unermüdlich weiter - und kommen dem dunklen Geheimnis des Klosters Stück für Stück näher.